北交所的佣金为什么高，这首先是由其市场定位与流动性特征决定的。作为一个服务于创新型中小企业的专属平台，北交所上市企业普遍具有高成长性与高风险并存的特性。这要求券商在提供服务时，需要承担比沪深市场更高的企业筛选、持续督导以及潜在的退市风险管理成本。相对沪深交易所，北交所的整体交易规模和活跃度仍处于发展阶段，市场流动性存在天然瓶颈。为了在有限的交易量下维持基础的运营效益与风险覆盖，券商在设定服务费率时，倾向于采取相对较高的佣金水平，这是市场供需与风险定价的直接反映。
与成熟市场差异化的交易制度与技术要求，是抬高其运营成本并传导至佣金的重要环节。北交所采用的交易机制，包括连续竞价与收盘集合竞价混合模式，以及新股首日不设涨跌幅限制等规则，在增加了市场弹性的同时，也大幅提升了交易系统的风控复杂度与实时监控要求。这意味着券商必须投入更先进的技术设施、更专业的运维团队来保障交易的稳定与合规。这些为了适配特殊规则而产生的额外技术投入和人力成本，最终都会内化到为投资者提供交易通道的服务成本之中，构成了佣金高企的技术面原因。
作为一个新兴的全国性证券交易场所，北交所自身及其生态的建设仍处于高投入阶段。从交易系统的持续升级、清算结算网络的构建与维护，到面向市场和投资者的广泛教育普及，都需要持续投入巨额资金。在市场规模和交易活跃度尚未达到足以摊薄这些固定成本的临界点之前，单位交易行为所需要分摊的基础设施建设与市场培育成本自然较高。这部分由交易所发展前期特性决定的成本，通过经手费等形式体现在券商的综合成本中，也是当前佣金水平高于沪深市场的一个不可忽视的底层因素。
也影响着佣金的定价策略。相较于已有三十余年发展历史的沪深市场，北交所的市场规模与参与者数量仍有成长空间。目前为北交所提供服务的券商数量与它们在该板块投入的资源，与主板相比并非完全对等。在竞争尚未白热化、且服务此类企业本身隐含更高运营与合规成本的背景下，佣金费率缺乏通过激烈市场竞争而被压降至极低水平的内在动力。这使得一段时期内，北交所的佣金会呈现默认费率较高，但可通过协商调整的市场特征。
它既是市场对其服务对象高风险特性的定价补偿，也是覆盖特殊技术运营与高昂前期建设成本的现实需要，同时亦反映了当前市场发展阶段下的竞争格局。对于投资者而言，理解这一费用结构的成因，有助于更理性地看待交易成本，并意识到通过正规渠道与券商协商费率是优化自身投资成本的有效途径。
